Nie podlegają zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów wydatki i koszty bezpośrednio sfinansowane dochodami (przychodami) zwolnionymi od podatku dochodowego (art. 23 ust. 1 pkt 56 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych - w skr. "updof"), tj:

• dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli (art. 21 ust. 1 pkt 46 updof):

- pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych, badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz

- podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem,

• dotacje z budżetu państwa otrzymane na dofinansowanie przedsięwzięć realizowanych w ramach Specjalnego Przedakcesyjnego Programu na Rzecz Rolnictwa i Rozwoju Obszarów Wiejskich (SAPARD) (art. 21 ust. 1 pkt 47a updof),
• kwoty otrzymane od agencji rządowych lub agencji wykonawczych, jeżeli agencje te otrzymały środki na ten cel z budżetu państwa (art. 21 ust. 1 pkt 47c updof),
• dotacje, subwencje, dopłaty i inne nieodpłatne świadczenia lub świadczenia częściowo odpłatne, otrzymane na cele związane z działalnością rolniczą z budżetu państwa, budżetów jednostek samorządu terytorialnego, od agencji rządowych lub ze środków pochodzących od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych (art. 21 ust. 1 pkt 47d updof),
• dopłaty bezpośrednie stosowane w ramach Wspólnej Polityki Rolnej Unii Europejskiej, otrzymane na podstawie odrębnych przepisów (art. 21 ust. 1 pkt 116 updof),
• wkład własny podmiotu publicznego, o którym mowa w art. 2 pkt 5 ustawy o partnerstwie publiczno-prywatnym, otrzymany przez partnera prywatnego i przeznaczony na cele określone w umowie o partnerstwie publiczno-prywatnym, z zastrzeżeniem ust. 19 (art. 21 ust. 1 pkt 122 updof),
• dotacje, w rozumieniu przepisów o finansach publicznych, otrzymane z budżetu państwa lub budżetów jednostek samorządu terytorialnego (art. 21 ust. 1 pkt 129 updof),
• płatności na realizację projektów w ramach programów finansowanych z udziałem środków europejskich otrzymane z Banku Gospodarstwa Krajowego, z wyłączeniem płatności otrzymanych przez wykonawców (art. 21 ust. 1 pkt 136 updof),
• środki finansowe otrzymane przez uczestnika projektu jako pomoc udzielona w ramach programu finansowanego z udziałem środków europejskich, o których mowa w ustawie o finansach publicznych (art. 21 ust. 1 pkt 137 updof).

Jeżeli podatnik zaliczył wydatki do kosztów uzyskania przychodów i dopiero później otrzymał dotację lub inny przychód korzystający ze zwolnienia (refundacja lub zwrot poniesionych wydatków), to powinien je z tych kosztów wyeliminować. Dlatego też, po otrzymaniu dotacji należy dokonać stosownej korekty kosztów uzyskania przychodów w wysokości odpowiadającej kwocie wydatków uprzednio zaliczonych do kosztów uzyskania przychodów, a w przypadku refundacji lub zwrotu poniesionych wydatków w wysokości odpowiadającej kwocie otrzymanego dofinansowania.

Podstawa prawna:
1. Ustawa z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych 
2. Ustawa z dnia 19 grudnia 2008 r. o partnerstwie publiczno-prywatnym
3. Ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych