Organami podatkowymi w zakresie akcyzy, zgodnie z art. 14 ustawy, są  naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celno-skarbowego i dyrektor izby administracji skarbowej. Zasadą jest, że właściwość miejscową organów podatkowych ustala się ze względu na miejsce wykonywania czynności lub wystąpienia stanu faktycznego, podlegających opodatkowaniu.

Organem podatkowym właściwym w zakresie Wiążącej Informacji Akcyzowej jest dyrektor izby administracji skarbowej.

Od ww. zasady ustawa przewiduje jednak szereg wyjątków, i tak jeżeli czynności podlegające opodatkowaniu są wykonywane na terenie właściwości miejscowej dwóch lub więcej organów podatkowych, właściwość miejscową określa się dla:

• osób prawnych oraz jednostek organizacyjnych niemających osobowości prawnej – ze względu na adres ich siedziby,
• osób fizycznych – ze względu na adres ich zamieszkania.

Jeżeli czynności podlegające opodatkowaniu są wykonywane lub stany podlegające opodatkowaniu akcyzą występują na terenie właściwości miejscowej dwóch lub więcej organów podatkowych, organem podatkowym właściwym miejscowo, może być jeden z tych organów, wskazany przez podatnika w złożonym przez niego oświadczeniu. Jednakże niewykonywanie czynności lub niewystąpienie stanów faktycznych  w obszarze właściwości wskazanego organu podatkowego przez 12 miesięcy skutkuje ponownym ustaleniem jej na zasadach ogólnych.

Niezależnie od powyższego wskazać należy, że w sytuacjach:

• ustalania norm dopuszczalnych ubytków wyrobów akcyzowych lub dopuszczalnych norm zużycia wyrobów akcyzowych,
• przemieszczania wyrobów akcyzowych z zastosowaniem procedury zawieszenia poboru akcyzy,
• powiadamiania naczelnika urzędu skarbowego przez podmiot prowadzący skład podatkowy o zamiarze wyprowadzenia wyrobów akcyzowych ze składu podatkowego,

właściwość miejscową ustala się ze względu na miejsce wykonywania czynności lub występowania stanów faktycznych podlegających opodatkowaniu akcyzą, z którymi związane są ww. czynności.

W sposób szczególny uregulowana została również właściwość organów podatkowych w przypadku saldowania zabezpieczeń akcyzowych. I tak właściwość miejscową organu podatkowego w sprawach odnotowania obciążenia lub zwolnienia zabezpieczenia generalnego z obciążenia ustala się ze względu na miejsce dokonania czynności lub wystąpienia stanu faktycznego, stanowiących podstawę do tego odnotowania. Z kolei w przypadku gdy zobowiązanie podatkowe lub obowiązek zapłaty opłaty paliwowej wygasa na skutek zapłaty tego zobowiązania lub tej opłaty paliwowej, organem właściwym do odnotowania zwolnienia zabezpieczenia generalnego z obciążenia jest naczelnik urzędu skarbowego, któremu podatnik składa deklarację podatkową albo na wniosek podatnika inny naczelnik urzędu skarbowego, pod warunkiem, że posiada on informację, że zobowiązanie podatkowe lub opłata paliwowa zostały zapłacone, lub podatnik przedstawi mu dokumenty potwierdzające dokonanie takiej zapłaty.

Z tytułu importu właściwymi w zakresie akcyzy są naczelnik urzędu celno-skarbowego właściwy, na podstawie przepisów prawa celnego, do obliczenia i zaksięgowania kwoty należności celnych przywozowych wynikających z długu celnego i właściwy dla tego naczelnika dyrektor izby administracji skarbowej oraz naczelnik urzędu skarbowego, właściwy na podstawie przepisów prawa celnego, do poboru kwoty należności celnych przywozowych wynikających z długu celnego.

Z kolei w przypadku osób fizycznych, które dokonują nabycia wewnątrzwspólnotowego, z wyjątkiem nabycia w ramach prowadzonej działalności gospodarczej, organami podatkowymi są naczelnik urzędu skarbowego i dyrektor izby administracji skarbowej właściwi ze względu na adres zamieszkania tych osób.

Natomiast w sytuacji ubiegania się o zwrot podatku akcyzowego właściwym organem podatkowym są naczelnik urzędu skarbowego, któremu została złożona deklaracja podatkowa dla tej akcyzy lub który wydał decyzję określającą wysokość tej akcyzy, i właściwy dla tego naczelnika w zakresie akcyzy dyrektor izby administracji skarbowej.

Jeżeli nie można ustalić właściwości według ww. sposobów właściwym organem podatkowym jest  Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście w Warszawie  i Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie.

Organami właściwymi w zakresie spraw dotyczących znaków akcyzy zgodnie z art. 15 ustawy są naczelnik urzędu skarbowego i dyrektor izby administracji  skarbowej wyznaczeni przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych, których właściwość miejscową ustala się ze względu na adres siedziby lub zamieszkania podmiotu obowiązanego do oznaczania wyrobów akcyzowych znakami akcyzy.

Jeżeli nie można ustalić właściwości miejscowej w ww.  sposób, właściwym naczelnikiem urzędu skarbowego w sprawach znaków akcyzy i właściwym dyrektorem izby administracji skarbowej w sprawach znaków akcyzy jest Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście w Warszawie i Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie.