W dniu 1 stycznia 2015 r. weszła w życie ustawa z dnia 23 października 2014 r. o zmianie ustawy o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym, ustawy o Funduszu Kolejowym oraz ustawy o podatku akcyzowym (Dz. U. poz. 1559), zgodnie z którą opłata paliwowa podlega zabezpieczeniu zabezpieczeniem akcyzowym na zasadach określonych w ustawie z dnia 6 grudnia 2008 r. o podatku akcyzowym (Dz. U. z 2017 r. poz. 43, z późn. zm.). Jednocześnie uległy zmianie przepisy ustawy o podatku akcyzowym regulujące kwestie związane z zabezpieczeniami akcyzowymi polegające na objęciu tymi przepisami opłaty paliwowej. Zgodnie ze zmienionymi przepisami kwota zabezpieczenia akcyzowego powinna obejmować zarówno powstałe lub mogące powstać zobowiązanie podatkowe, jak i opłatę paliwową, której obowiązek zapłaty powstał lub może powstać.

Ustawa o zmianie ustawy o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym, ustawy o Funduszu Kolejowym oraz ustawy o podatku akcyzowym przewidywała okresy przejściowe, w których podmioty posiadające w dniu 1 stycznia 2015 r. złożone ważne zabezpieczenie akcyzowe (czyli bez opłaty paliwowej) były zwolnione z obowiązku zabezpieczenia opłaty paliwowej do dnia złożenia nowego lub dodatkowego zabezpieczenia akcyzowego, lub jakiejkolwiek zmiany tego zabezpieczenia, nie dłużej jednak, niż do 31 grudnia 2015 r.

W związku z upływem ww. okresu przejściowego od dnia 1 stycznia 2016 r. wszystkie podmioty zobowiązane do złożenia zabezpieczenia akcyzowego w zakresie wyrobów akcyzowych podlegających także opłacie paliwowej obowiązane są do posiadania zabezpieczenia akcyzowego w kwocie obejmującej zobowiązania tych podmiotów zarówno z tytułu akcyzy jaki opłaty paliwowej.

System EMCS, a zwłaszcza Systemy kooperujące, m.in. Ogólnopolski System Obsługi Zabezpieczeń (OSOZ2), znajdują się w trakcie rozbudowy, niemniej jednak dotychczasowe modyfikacje pozwalają na automatyczne obliczanie kwoty, którą będzie odnotowywane obciążenie lub użycie zabezpieczenia akcyzowego albo zwolnienie z tego obciążenia lub użycia, stanowiącej sumę akcyzy i opłaty paliwowej. Kwoty te będą automatycznie odnotowywane w systemie OSOZ2. Po pełnym wdrożeniu systemów informatycznych zostanie opracowana nowa instrukcja obsługi zabezpieczeń akcyzowych w Systemie EMCS. Do tego czasu, w sprawie informacji dotyczących obsługi zabezpieczeń akcyzowych zawierających opłatę paliwową, należy zwracać się do HELP DESKu.