Numer referencyjny jest generowany automatycznie przez system e-Deklaracje po wysłaniu danych tak, jak dla wszystkich pozostałych dokumentów elektronicznych opatrzonych kwalifikowanym podpisem elektronicznym, jak i podpisem elektronicznym zapewniającym autentyczność deklaracji i podań opartym na danych autoryzujących („dane autoryzujące"). Będzie on potrzebny do pobierania Urzędowego Poświadczenia Odbioru (UPO) lub sprawdzenia statusu przetworzenia deklaracji (zeznania/wniosku). Należy pamiętać, że Urzędowe Poświadczenie Odbioru stanowi dowód i potwierdza termin złożenia deklaracji w przypadku gdy status przesłanego dokumentu będzie 200.