W związku z prowadzeniem działalności badawczo-rozwojowej podatnikom przysługuje ulga polegająca na odliczaniu od podstawy opodatkowania części kosztów uzyskania przychodów poniesionych na ten rodzaj działalności - tzw. „kosztów kwalifikowanych".

Z początkiem 2018 r. korzystanie z tej ulgi stało się jeszcze bardziej atrakcyjne, w wyniku zmian wprowadzonych ustawą z dnia 9 listopada 2017 r. o zmianie niektórych ustaw w celu poprawy otoczenia prawnego działalności innowacyjnej (Dz.U. poz. 2201)

Z ulgi mogą skorzystać podatnicy uzyskujący dochody ze źródła – działalność gospodarcza.

Mechanizm omawianej ulgi polega na odliczaniu od podstawy opodatkowania części kosztów uzyskania przychodów poniesionych na działalność B+R, tzw. „kosztów kwalifikowanych".

Działalność badawczo-rozwojowa, jak również badania naukowe oraz prace rozwojowe, są zdefiniowane w ustawie z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2018 r. poz. 1509 ze.zm.), zwanej dalej "ustawą PIT", w art. 5a pkt 38–40.

Jest to zatem dodatkowe pomniejszenie podstawy opodatkowania z tego samego tytułu, z którego dany koszt został już zaliczony do kosztów uzyskania przychodów.

Za koszty kwalifikowane uznaje się:

1)    wynagrodzenia pracowników zatrudnionych w celu realizacji działalności badawczo-rozwojowej oraz związane z nimi składki na ubezpieczenia społeczne,

2)  wynagrodzenia z tytułu umów  zlecenia lub o dzieło w części związanej z działalnością badawczo-rozwojową,

3) nabycie niebędącego środkiem trwałym sprzętu specjalistycznego oraz materiałów i surowców bezpośrednio związanych z prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową,

4)  ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi równorzędne, świadczone lub wykonywane na podstawie umowy przez podmioty, o których mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1, 2 i 4-8 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. z 2018 r. poz. 1668), a także nabycie od takiego podmiotu wyników prowadzonych przez niego badań naukowych, na potrzeby działalności badawczo-rozwojowej,

5)    odpłatne korzystanie z aparatury naukowo-badawczej wykorzystywanej wyłącznie w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, jeżeli to korzystanie nie wynika z umowy zawartej z podmiotem powiązanym z podatnikiem w rozumieniu art. 25 ust. 1 i 4 ustawy PIT,

6) nabycie usługi wykorzystania aparatury naukowo-badawczej wyłącznie na potrzeby prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, jeżeli zakup usługi nie wynika z umowy zawartej z podmiotem powiązanym z podatnikiem w rozumieniu art. 25 ustawy PIT,

7)  koszty uzyskania i utrzymania patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy, prawa z rejestracji wzoru przemysłowego, poniesione na:

a.     przygotowanie dokumentacji zgłoszeniowej i dokonanie zgłoszenia do Urzędu Patentowego Rzeczypospolitej Polskiej lub odpowiedniego zagranicznego organu, łącznie z kosztami wymaganych tłumaczeń na język obcy,

b.     prowadzenie postępowania przez Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej lub odpowiedni zagraniczny organ, poniesione od momentu zgłoszenia do tych organów, w szczególności opłaty urzędowe i koszty zastępstwa prawnego i procesowego,

c.     odparcie zarzutów niespełnienia warunków wymaganych do uzyskania patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy lub prawa z rejestracji wzoru przemysłowego zarówno w postępowaniu zgłoszeniowym, jak i po jego zakończeniu, w szczególności koszty zastępstwa prawnego i procesowego, zarówno w Urzędzie Patentowym Rzeczypospolitej Polskiej, jak i w odpowiednim zagranicznym organie,

d.     opłaty okresowe, opłaty za odnowienie, tłumaczenia oraz dokonywanie innych czynności koniecznych dla nadania lub utrzymania ważności patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy oraz prawa z rejestracji wzoru przemysłowego, w szczególności koszty walidacji patentu europejskiego.

8)    odpisy amortyzacyjne od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, z wyłączeniem samochodów osobowych oraz budowli, budynków i lokali będących odrębną własnością (z zastrzeżeniem centrów badawczo-rozwojowych).

Podatnicy posiadający status centrum badawczo-rozwojowego w rozumieniu ustawy z dnia 30 maja 2008 r. o niektórych formach wspierania działalności innowacyjnej  (Dz.U. z 2018 r. poz. 141, z późn.zm.) mają prawo uznać za koszty kwalifikowane, na zasadach określonych w ustawie, także:

1) odpisy amortyzacyjne od budowli, budynków i lokali będących odrębną własnością wykorzystywane w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej,

2) koszty, o których mowa wyżej w pkt 4 (dot. ekspertyz, opinii...) ponoszone na rzecz podmiotów innych niż jednostki naukowe.

Kwota podlegająca odliczeniu nie może przekroczyć 100% lub 150% kosztów kwalifikowanych (art. 26e ust. 7 ustawy PIT).

Dodatkowe odliczenia przysługujące centrom badawczo-rozwojowym uznawane są za pomoc publiczną i podlegają stosownym ograniczeniom i obowiązkom sprawozdawczym.

Podatnicy, którzy zamierzają skorzystać z ulgi, są obowiązani w prowadzonej ewidencji (księgach rachunkowych albo podatkowej księdze przychodów i rozchodów) wyodrębnić koszty działalności B+R (art. 24a ust. 1b ustawy PIT).

Koszty kwalifikowane podlegają odliczeniu, jeżeli nie zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie lub nie zostały odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym.

Odliczenia dokonuje się w zeznaniu za rok podatkowy, w którym poniesiono koszty kwalifikowane. Podatnicy są obowiązani wykazać w zeznaniu koszty kwalifikowane podlegające odliczeniu.

Jeżeli w roku podatkowym, za który ma być dokonane odliczenie, podatnik poniósł stratę lub wielkość dochodu podatnika jest niższa od kwoty przysługujących mu odliczeń, odliczenia – odpowiednio w całej kwocie lub w pozostałej części – dokonuje się w zeznaniach za kolejno następujące po sobie sześć lat podatkowych następujących bezpośrednio po roku, w którym podatnik skorzystał lub miał prawo skorzystać z odliczenia.

Podatnikowi, który w roku rozpoczęcia prowadzenia działalności poniósł stratę albo osiągnął dochód niższy od kwoty przysługującego za ten rok odliczenia, przysługuje kwota zwrotu, odpowiadająca iloczynowi nieodliczonego odliczenia i stawki podatku obowiązującej tego podatnika w danym roku podatkowym. Ten mechanizm stosuje się również w roku podatkowym następującym bezpośrednio po roku rozpoczęcia działalności, jeżeli w tym roku podatnik jest mikroprzedsiębiorcą, małym lub średnim przedsiębiorcą w rozumieniu przepisów o swobodzie działalności gospodarczej.

Wykazana w zeznaniu kwota zwrotu stanowi pomoc de minimis udzielaną w zakresie i na zasadach określonych w bezpośrednio obowiązujących aktach prawa wspólnotowego dotyczących pomocy w ramach zasady de minimis.

Nie jest rozpoczynającym prowadzenie działalności gospodarczej podatnik, który w roku rozpoczęcia tej działalności, a także w okresie dwóch lat, licząc od końca roku poprzedzającego rok jej rozpoczęcia, prowadził działalność gospodarczą samodzielnie lub jako wspólnik spółki niebędącej osobą prawną lub działalność taką prowadził małżonek tej osoby, jeżeli między małżonkami istniała w tym czasie wspólność majątkowa.

Jeżeli podatnik przed upływem trzech lat podatkowych, licząc od końca roku podatkowego, za który złożył zeznanie, w którym wykazał kwotę zwrotu gotówkowego został postawiony w stan upadłości lub likwidacji, wykazana kwotę zwrotu musi zwrócić.

Podstawa prawna: art. 26e-26g ustawy PIT