Sprawdzenie przez organ celny czy wnioskodawca ubiegający się o pozwolenie AEO spełnienia wymagane kryteria ustanowione w art. 39 unijnego kodeksu celnego, realizowane jest poprzez czynności audytowe, o których mowa w dziale V rozdział 3 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. poz. 1947, z późn. zm.).
Zgodnie z art. 100 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej czynności audytowe polegają w szczególności na:

1.  badaniu dokumentacji i, w razie potrzeby, weryfikacji jej autentyczności;
2.  dokonywaniu oględzin i sprawdzaniu stanu pomieszczeń oraz innych obiektów;
3.  dokonywaniu oceny wypłacalności wnioskodawcy;
4.  badaniu bezpieczeństwa systemów teleinformatycznych, w tym oprogramowania, pod względem możliwości prowadzenia kontroli danych zawartych w tych systemach.

W przypadku stwierdzenia możliwości niespełnienia przez wnioskodawcę kryterium lub warunku wymaganego do udzielenia pozwolenia AEO, właściwy organ celny wydaje zalecenia, w których wskazuje konieczność podjęcia określonych działań naprawczych oraz wyznacza termin na ich realizację. Czynności audytowe są również realizowane po udzieleniu pozwolenia, w ramach monitorowania, o którym mowa w art. 23 ust. 5 unijnego kodeksu celnego celem przeprowadzenia weryfikacji spełnienia kryteriów, o których mowa w art. 39 unijnego kodeksu celnego oraz dokonania ponownej oceny, o której mowa w art. 23 ust. 4 lit a unijnego kodeksu celnego.